生物發(fā)酵工程在近年來的應用范圍越來越廣，常見的例如各種工業(yè)溶劑、化工原料、農(nóng)用產(chǎn)品、食用產(chǎn)品等，應用涉及工業(yè)、農(nóng)業(yè)、食品制作、醫(yī)學以及環(huán)境改善等領域。微生物在發(fā)酵的過程中，受到溫度、pH值、溶解氧以及泡沫、磷酸鹽等的影響，相關(guān)的工作流程請看下文。

   微生物發(fā)酵的工作流程總的可以分為上游、發(fā)酵以及下游三個過程。
   1.上游過程。上游過程主要包括菌種的選育、培養(yǎng)基配方優(yōu)化和培養(yǎng)條件優(yōu)化；菌種的制備這幾個。
   菌種的選育有自然選育和誘變育種兩種方法。培養(yǎng)基配方配置注意：營養(yǎng)要協(xié)調(diào)，PH要適宜。在此過程中的還會進行滅菌處理。
   2.發(fā)酵過程。該過程主要包括過程的控制與優(yōu)化，以及對于污染的防控。該過后是發(fā)酵的中心階段，所以最主要的就是發(fā)酵條件、環(huán)境的控制，該過程對于菌種的生長繁殖以及代謝形成有著重要的影響。
   3.下游過程。該過程主要是：產(chǎn)物的分離純化以及發(fā)酵產(chǎn)生的三廢處理。對于代謝產(chǎn)物，可以采用蒸餾、萃取、離子交換等方法進行提取；對于菌體自身，可以采用過濾、沉淀等方法進行分離提純。
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